Dans la première saison:
Leur histoire a commencé d'une mauvaise manière! Nathan avait besoin de cours parce qu'il avait des difficultés à l'école et puis surtout pour agacer son demi-frère: Lucas. Donc, il demande à Haley de devenir sa tutrice, au début elle refuse, mais très vite elle change d'avis à deux conditions : petit un, Lucas ne doit rien savoir de leur arrangement et petit deux, Nathan doit arrêter d'embêter Lucas. Il accepte...
Lucas apprend très vite cet arrangement. Et forcément, il le prend très mal. Haley lui dit qu'elle a accepté pour lui et non pour aider Nathan....
Nathan a beaucoup de problèmes, son couple avec Peyton va de plus en plus mal et il ne se gène pas pour en parler avec Haley. Quand Nathan accidente la voiture de Peyton, Peyton le laisse tomber. Haley et Nathan deviennent amis très vite et vu sa séparation avec Peyton, ils se rapprochent.
Haley tombe sous le charme de Nathan et avoue à Lucas qu'il lui plaît! Il n'est pas très content et finit par lui demander de faire attention! Elle lui dit de ne pas s'en faire et que tout ira bien!
Dans une petite soirée, Brooke est saoule et malheureusement fait une chicane volontaire entre Haley et Nathan! Haley dit à Nathan que Lucas avait raison et qu'elle ne sera plus sa tutrice. Le lendemain Brooke est désolée et va dire à Haley que Nathan n'avait rien fait et que c'était elle la coupable, elle a organisé un petit jeu pour nos deux tourtereaux. Malheureusement, le jeu tourne au désastre et Haley est fâchée! Le lendemain, Nathan s'explique et ils s'embrassent. C'est le début d'une belle histoire d'amour....
A la fin de la saison, on apprend avec surprise qu'ils sont mariés!!!
Dans la deuxième saison:
Tout n'est pas rose pour les jeunes mariés. Tout d'abord Debbie et Dan n'acceptent pas ce mariage. Ensuite, les parents de Haley décident de quitter la ville. Enfin, l'arrivée de Chris va tout chambouler. Celui-ci va permettre à Haley de vivre sa passion et d'enregistrer des chansons. Malheureusement, Haley mentira à Nathan qui le prendra mal. Elle décidera de partir en tournée avec les Wreckers mais Nathan lui mettra un ultimatum : c'est la tournée ou lui. Elle partira quand même. Nathan vit très mal cette situation, il se laisse complètement aller. Dan arrivera à pousser Nathan à signer les papiers du divorce. Haley, quant à elle, est prête à revenir pour lui quand il a son accident mais Nathan l'en empêche et Dan lui amène les papiers signés. Elle rentrera quand même lors du dernier épisode.
Dans la troisième saison:
Quand Haley rentre à Tree Hill avant les vacances, Nathan se montre froid avec elle : il lui annonce qu'il part pour High Flyers. Il ne la prévient pas de son retour, c'est Lucas qui lui apprend la nouvelle. Nathan ne porte plus son alliance mais malgré tout, elle reste près de son coeur. Au début de la saison, Nathan est toujours décidé à divorcer mais Haley ne l'entend pas de cette oreille. Elle le choisit lors du jeu de "l'homme de rêve", afin de réparer ce qui a été cassé. Nathan, quant à lui, rappelle Chris et le paye pur qu'il aide Haley. Celle-ci l'apprend par Dan. Nathan et Haley passent la nuit ensemble mais à son réveil, Haley est seule dans le lit. Dan la surprend et subtilise le mot laissé par Nathan. Plus tard, Nathan découvre qu'Haley ne prenait pas la pilule quand ils ont couché ensemble. Aussitôt il croit les mensonges que profère son père et s'emporte pensant qu'Haley veut tomber enceinte. Haley n'accepte pas qu'il la soupçonne d'une telle chose et c'est à Nathan de s'excuser. Ils profitent du tournoi de basket pour passer la lune de miel qu'ils n'ont pas eu. Lorsque Jimmy prend Haley en otage, Nathan retourne dans le lycée pour la sauver. Il se retrouve finalement coincé avec elle. Après la mort de Keith, Nathan comprend que la vie est trop courte, il veut revivre avec Haley. Brooke leur rend les clefs de l'appartement qu'elle gardait en attendant leur retour. Nathan profite du week-end dans le chalet de Rachel pour demander Haley en mariage. Après un test organisé par le prêtre, Nathan et Haley renouvèlent leurs voeux devant leurs proches. Malheureusement, à la fin du mariage, Haley se retrouve seule sur le pont appelant Nathan qui vient de sauter pour secourir Cooper et Rachel...
Dans la quatrième saison :
Nathan survivra dans l'accident. Rachel essaie de séduire Nathan, mais en vain, lui aime Haley. On apprend qu' Haley est enceinte de Nathan, lui est un peu sous le choc, mais Naley restera fort et surmontera bien sur encore cette épreuve.
Nathan empruntera de l'argent à Daunte, ce qui lui amène des ennuis. Après des multiples dérangements, Nathan ne veut plus être dans l'affaire de Daunte, mais ce dernier ne voulant pas lâcher l'affaire, demandera à Nathan de perdre le dernier match de Withey, en échange de cela Nathan n'aura plus de dettes envers Daunte mais il va tout de même menés les Ravens à la victoire.
Daunte, voulant se venger, provoque un accident dans lequel la victime sera Haley. Fou de rage, Nathan frappera Daunte jusqu'à ce que Dan l'arrête et il se rendra alors compte que Daunte est mort, il apprendra plus tard qu'il était déjà mort bien avant qu'il ne l'est frappé. Haley se réveillera du coma peu de temps après l'accident, et n'aura pas perdu le bébé! Plus tard elle apprendra par l'intermédiaire d'une cassette que Nathan et Brooke ont couchés ensemble dans le passé, blessée et furieuse elle demandera à Nathan une liste de toutes ses anciennes conquêtes. Nathan ne pourra rien faire d'autre que d'accepter. Il fera deux listes une avec toutes ses conquêtes et l'autre sur les femmes dont il est tombé amoureux, une seule personne est sur cette liste et bien évidemment c'est Haley, elle acceptera ses excuses et acceptera même d'aller au bal avec lui.
Durant ce fameux bal, Haley et Nathan décident de se comporter comme de simples ados et non comme un couple mariés et futur parents. Mais tout ne se passera pas comme prévue, tout d'abord la voiture de Nathan tombe en panne, et c'est Deb qui les conduira au bal. Ensuite Haley va boire par accident de l'alcool, en effet un élève a mélangé de l'alcool dans le ponch, ce qui va énerver un tantinet Nathan. De plus lors de la soirée Nathan à récupéré les clefs de la voiture pour les fêtards, et il se trouve dans l'obligation de ramener un élève ivre chez lui, et l'élève en question n'est autre que celui qui a mélangé l'alcool dans le ponch. Sur le chemin le jeune homme parle de la fameuse casette des ébats de Brooke et Nathan, ne voulant pas gâcher la soirée Nathan prend la décision de déposé le jeune homme à un kilomètre de chez lui. Les deux amoureux ne retournent pas au bal, Nathan préfère amener Haley sur le toit du Karen's café, il lui lit sa prédilection et il lui propose de danser. Elle lui dit que sa jambe lui fait un peu mal, alors Nathan la prend dans ses bras et la fait danser.
Une semaine plus tard, toute la bande se retrouve à Honey Grove ( Micro s'est retrouvé coincé là bas et toute la petite bande à décidé d'aller l'aidé), là bas Nathan et Haley auront droit à un deuxième bal qui sera bien meilleur que le précédent, Nathan et Haley passerons une très bonne soirée. Quelques jours après, le scandale de l'affaire de Daunte et de Nathan éclate, mais tout accuse Lucas et non Nathan, il se retrouve face à un gros dilemme, Haley lui dit qu'elle sera là quoiqu'il arrive, il décide donc de se dénoncer. Whitey sera furieux mais Haley va lui demander son aide pour que Nathan puisse encore continuer son rêve, il refusera. Plus tard le proviseur Turner expliquera à Haley que le scandale de Nathan l'empêche d'être le Major de sa promotion et qu'elle ne fera pas son discours comme prévue, déçue Haley s'en va. Nathan qui comprend que tout ça est de sa faute, décide d'aller parler à Turner, il lui fait comprendre que Haley n'a pas à payer pour ses erreurs, il change donc d'avis. Nathan l'annonce à sa femme et cette dernière s'empresse de reprendre son discours. Quelques jours après, Whitey rend visite à Haley qui lui demande si elle est prête à abandonner ses rêves pour Nathan, elle lui répond oui, devant la ténacité de Haley, il pardonnera à Nathan. Il trouvera même une école qui veux bien de Nathan, puisse que entre autre le coach de cette école n'est autre que Whitey. Durant la remise des diplômes, et pendant son discourt Haley va ressentir ses premières contractions, une nouvelle aventure attend les deux tourtereaux. Haley accouchera alors d'un magnifique James Lucas Scott, Nathan sera aux anges. Quelques semaines plus tard le couple se retrouva dans une fête, et on apprend que le parrain et la marraine du dernier Scott sont Lucas et Brooke. Plus tard dans la soirée, Haley s'inquiète pour son fils demande à Nathan de la ramener, mais Deb s'occupe très bien de leur fils et elle leur demandera de retourner à la fête car ils auront tout le temps de s'occuper de leur enfant. Ils retournent donc auprès de leurs amis, à la fin de la soirée toute la bande se retrouvera sur le terrain de basket là où tout à commencer, Haley jouera contre Nathan et elle lui fait une promesse de lui faire ce qu'il veut si il lui laisse le ballon, Nathan lui cède le ballon sans plus attendre, et elle réussira même à mettre quelques paniers, sous le regard amoureux de Nathan...
Dans la cinquième saison :
Le mariage de Haley et Nathan bat de l'aile, en effet Nathan est paralysé ce qui l'a rendu cynique car ses rêves se sont écroulés, il passe ses journées à regarder ses anciens exploits et à boire. Il délaisse complètement sa femme et son fils. Haley n'en peut plus, elle le prévient que s"il continue, elle le quitte. Nathan va finir par se ressaisir à temps et leur mariage redémarre. Mais cela semble de courte durée car Nathan semble attiré par la nounou de son fils, Carrie. Haley est dévorée de jalousie mais ne peut rien y faire.Jusqu'au jour ou Nathan sera (ne le voulant pas) rejoint par Carrie, dans la douche. Haley les surprendra et sera en colère contre Nathan et Carrie.
Un peu plus tard, Nathan s'excusera et lui dira qu'il n'aime pas Carrie,mais qu'elle l'a tout de même embrassé. Ce qui remet Haley en colère et ils se disputent. Ils ne s'aperçoivent pas que Jamie qui est dehors est tombé dans la piscine. Lorsqu'ils se rendent compte que leur fils se noie Nathan plonge et sort son fils de l'eau. Haley lui fait de multiples reproches et finit par demandé le divorce alors que Jamie reprend connaissances.
Suite à l'enlèvement de Jamie, ils se rapprocheront et Nathan reviendra chez lui mais dormira sur le canapé.
Ils iront voir un conseillé conjugal qui leur fera réaliser qu'ils peuvent tout deux réaliser leurs rêves.
Leur histoire peut enfin reprendre et chacun peut se consacrer à ses rêves tout en menant une vie de famille. Nathan se remet au basket avec l'aide de Quentin et le soutien de son fils alors que Haley décide de reprendre la chanson. En effet, Haley transmet une maquette à Peyton pour que celle-ci produise son disque. C'est le début de leur collaboration.
